阿米巴的致病机制现在不是完全的清楚。第一：机械性损伤。阿米巴滋养体能在肠组织中破环肠粘膜，降解破坏肠绒毛。第二：接触溶解作用。阿米巴的凝集素有吸附、溶解肠粘膜细胞作用使细胞释放离子而破裂第三：肠毒素。总之，果酱样大便就是阿米巴破坏的肠组织释放大量的细胞液，大便就稀，果酱色就是血细胞掺杂其中。
